Em 2016, depois do impeachment de Dilma, o projeto foi classificado no Programa de Parcerias de Investimentos (PPI) do governo do então presidente Michel Temer (MDB).

Temer então publicou uma medida provisória, depois transformada em lei, que alterou os limites do Parque Nacional do Jamanxim, no oeste do Pará, para viabilizar a construção da ferrovia.

Foram retirados da área do parque cerca de 862 hectares, destinados aos leitos e às faixas de domínio da EF-170 (a Ferrogrão) e da BR-163 – uma das principais rotas de escoamento da produção agropecuária.

A discussão no STF é justamente sobre o traçado do projeto, depois de a Corte ter sido acionada pelo PSOL em uma ação direta de inconstitucionalidade, em 2020. Naquele ano, o processo de desestatização da ferrovia começou a tramitar no Tribunal de Contas da União (TCU).

O PSOL questiona a alteração nos limites do Parque Nacional do Jamanxim para permitir a construção da ferrovia em área de conservação.

Em 2021, Moraes atendeu ao pedido do PSOL e suspendeu a eficácia da lei. O processo foi pautado no STF em maio deste ano, mas não chegou a ser discutido. No dia seguinte, Moraes encaminhou o caso para o Cesal.

Em agosto, o presidente Luiz Inácio Lula da Silva (PT) incluiu a ferrovia no Novo PAC – o programa de investimentos do governo. As obras foram incluídas na modalidade "estudos de novas concessões".